土壤中含有大量鋁的氫氧化物，土壤酸化后，酸化土壤改良可加速土壤中含鋁的原生和次生礦物風化而釋放大量鋁離子，形成植物可吸收的形態(tài)鋁化合物。植物長期和過量的吸收鋁，會中毒，甚至死亡。酸雨尚能加速土壤礦物質(zhì)營養(yǎng)元素的流失；改變土壤結(jié)構(gòu)，導致土壤貧脊化，影響植物正常發(fā)育；酸雨還能誘發(fā)植物病蟲害，使作物減產(chǎn)。
酸化土壤肥力減退、農(nóng)業(yè)減產(chǎn)酸雨可使土壤微生物種群變化，細菌個體生長變小，生長繁殖速度降低，如分解有機質(zhì)及其蛋白質(zhì)的主要微生物類群牙孢桿菌，極毛桿菌和有關(guān)真菌數(shù)量降低，影響營養(yǎng)元素的良性循環(huán)，造成農(nóng)業(yè)減產(chǎn)。特別是酸雨可降低土壤中氨化細菌和固氮細菌的數(shù)量，使土壤微生物的氨化作用和硝化作用能力下降，對農(nóng)作物大為不利。 科學家試驗后估計我國南方七省大豆因酸雨受災面積達2380萬畝，減產(chǎn)達20萬噸，減產(chǎn)幅度約6%，每年經(jīng)濟損失1400萬元。
火力發(fā)電廠周圍的糧地稻、麥等禾本科作物葉面積小，蠟質(zhì)層厚，可濕性差，對酸雨敏感性弱，但強酸雨仍將導致葉面扭曲，褐黃或褐紅傷班，大麥減產(chǎn)。重慶電廠附近酸雨區(qū)域受害糧地4.1% .
赤稻
水稻生長期是翠綠色的，到了成熟期是黃色的，在加上誘人的稻米香味，稻香村成為田園特殊風光；如果變成赤色的，又如何？我們見過赤豆，紅高糧，誰也沒見過赤稻。怪事發(fā)生在重慶， 1982 年6 月18日下了一場pH值為3.9 的強酸雨，某鄉(xiāng)上萬畝水稻葉片迅速變成赤色，一場災害產(chǎn)量損失80萬斤。酸雨大棚實驗也證明，強酸雨將導致葉面產(chǎn)生赤色傷班。 酸沉降對農(nóng)作物的急性傷害和慢性傷害急性傷害，通常是指農(nóng)作物與強酸雨或高濃度二氧化硫等污染物接觸，其葉片在短時間（一至三天）內(nèi)出現(xiàn)細胞死亡，其嚴重者出現(xiàn)枯葉，枯枝，枯梢和枯株。這種情況只在實驗室和土法煉硫窯附近見過。慢性傷害，一般系指農(nóng)作物長期與弱酸雨或低濃度的二氧化硫污染物接觸，其葉色失綠或色素變化，破壞作物細胞正常代謝活動，導致細胞死亡，其可見傷害癥狀為過早落葉等。一般酸雨地區(qū)或二氧化硫長期超標地區(qū)內(nèi)，會發(fā)生這種情況。這也是大面積農(nóng)作物減產(chǎn)的原因。 不同作物受二氧化硫傷害的敏感性不同的農(nóng)作物和同種作物的不同品種之間，受二氧化硫傷害的敏感性不同。為了使人們認識這點，科學家在實驗室內(nèi)用一定劑量的二氧化硫去熏不同農(nóng)作物。一段時間之后，不同農(nóng)作物傷害完全不同，可分為敏感性農(nóng)作物，中等敏感性農(nóng)作物和抗性農(nóng)作物三類。如，敏感農(nóng)作物有大麥，棉花，大豆，菠菜，胡蘿卜和辣椒等；中等抗性農(nóng)作物為小麥，菜豆，花生，黃瓜，油菜和番茄等；抗性農(nóng)作物為水稻，玉米和馬鈴薯等。
酸雨與蔬菜酸雨造成蔬菜葉面黃斑，生長不良，抗病能力下降，產(chǎn)量下降。
如我國某電廠附近酸雨區(qū)域受害菜地11.3% . 不同品種的蔬菜對酸雨的敏感程度不同，當pH=3.5的高酸性環(huán)境里，對酸敏感蔬菜蕃茄，芹菜，豇豆和黃瓜產(chǎn)量可下降20% ；而有中等敏感性的生菜，四季豆和辣椒產(chǎn)量下降10-20%；最后，抗酸性較強的青椒，甘蘭，小白菜，菠菜和胡羅卜產(chǎn)量下降低于10%.